Σύμφωνα με τις διατάξεις του ν.4957/2022 (ΦΕΚ 141/21.07.2022 τ. Α΄), το Συμβούλιο Διοίκησης (Σ.Δ.) αποτελείται από έντεκα (11) μέλη, εκ των οποίων έξι (6) μέλη είναι εσωτερικά, μέλη Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού Δ.Ε.Π.) του ΑΕΙ της βαθμίδας του Καθηγητή, και εκλέγονται από το σύνολο των μελών Δ.Ε.Π. του Ιδρύματος, και πέντε (5) μέλη είναι εξωτερικά και αναδεικνύονται από τα εσωτερικά μέλη του Σ.Δ. με μυστική ψηφοφορία, κατόπιν δημόσιας διεθνούς πρόσκλησης.
Το Συμβούλιο του Πανεπιστημίου Αιγαίου συγκροτήθηκε σε Σώμα (ΦΕΚ 776/05.06.2026 τ.Υ.Ο.Δ.Δ.) και απαρτίζεται από τους/τη:
1. Ξανθόπουλος Στυλιανός του Ζαχαρία, Καθηγητής της Σχολής Θετικών Επιστημών, εσωτερικό μέλος, Πρύτανης – Πρόεδρος του Συμβουλίου Διοίκησης.
2. Platis Agapios του Nickolaos, Καθηγητής της Πολυτεχνικής Σχολής, εσωτερικό μέλος.
3. Δημητρακόπουλος Παναγιώτης του Γεωργίου, Καθηγητής της Σχολής Περιβάλλοντος, εσωτερικό μέλος.
4. Τσεκούρας Γεώργιος του Ευστρατίου, Καθηγητής της Σχολής Κοινωνικών Επιστημών, εσωτερικό μέλος.
5. Παπαθεοδώρου Ανδρέας του Κωνσταντίνου, Καθηγητής της Σχολής Επιστημών της Διοίκησης, εσωτερικό μέλος.
6. Φεσάκης Γεώργιος του Νικολάου, Καθηγητής της Σχολής Ανθρωπιστικών Επιστημών, εσωτερικό μέλος.
7. Φαράκλας Αντώνιος Στάμος του Δημητρίου, εξωτερικό μέλος.
8. Καμπούρης Γεώργιος του Ελευθερίου, εξωτερικό μέλος.
9. Οικονόμου Μαρία του Αλεξάνδρου, εξωτερικό μέλος.
10. Πασσάς Νικόλαος του Εμμανουήλ, εξωτερικό μέλος.
11. Clairambault Jean του Marcel, εξωτερικό μέλος.
Η θητεία των μελών του Συμβουλίου Διοίκησης λήγει την 31η Αυγούστου 2030.
Το Σ.Δ. λαμβάνει τις βασικές οικονομικές, διοικητικές και στρατηγικές αποφάσεις του Α.Ε.Ι.